Huyện Quỳ Hợp được thành lập ngày 19 tháng 4 năm 1963 theo Quyết định 52-CP của Hội đồng Chính phủ trên cơ sở tách 10 xã: Châu Quang, Châu Thành, Châu Hồng, Châu Lộc, Châu Thái, Châu Sơn, Châu Cường, Châu Lý, Châu Đình, Châu Yên thuộc huyện Quỳ Châu và 3 xã: Tam Hợp, Nghĩa Xuân, Nghĩa Sơn thuộc huyện Nghĩa Đàn.

Khi mới thành lập, huyện Quỳ Hợp có 13 xã: Châu Cường, Châu Đình, Châu Hồng, Châu Lộc, Châu Lý, Châu Quang, Châu Sơn, Châu Thái, Châu Thành, Châu Yên, Nghĩa Sơn, Nghĩa Xuân, Tam Hợp.

Ngày 17 tháng 4 năm 1965, chia xã Nghĩa Sơn thành hai xã lấy tên là xã Văn Lợi và Hạ Sơn; chia xã Châu Lộc thành hai xã lấy tên là xã Châu Lộc và xã Liên Hợp; chia xã Nghĩa Xuân thành hai xã lấy tên là xã Nghĩa Xuân và xã Minh Hợp; chia xã Tam Hợp thành hai xã lấy tên là xã Tam Hợp và xã Thọ Hợp.

Ngày 15 tháng 4 năm 1967, chia xã Châu Yên thành hai xã lấy tên là xã Yên Hợp và Đồng Hợp.

Ngày 9 tháng 11 năm 1983, tách 600 ha đất của xã Châu Quang để thành lập thị trấn Quỳ Hợp - thị trấn huyện lỵ huyện Quỳ Hợp.

Ngày 15 tháng 10 năm 1990, chia xã Châu Hồng thành hai xã lấy tên là xã Châu Hồng và xã Châu Tiến; chia xã Châu Sơn thành 2 xã lấy tên là xã Bắc Sơn và xã Nam Sơn.